V šiestom ročníku prvej slovenskej futbalovej ligy sa titul vrátil po troch rokoch do Bratislavy, víťazný Slovan sa predstavil v kvalifikácii Ligy šampiónov. Druhý Inter Bratislava a tretí Spartak Trnava putovali do kvalifikácie Pohára UEFA. Slovan triumfoval aj v Slovenskom pohári, a preto sa miestenka do pohárovej Európy ušla porazenému finalistovi z Banskej Bystrice. Namiesto zrušeného Pohára víťazov pohárov zamieril do prvého kola Pohára UEFA.

UEFA Intertoto Cup:

O letnú súťaž prejavili tentoraz záujem piata Ozeta Dukla Trenčín a šiesta MŠK Žilina. V prvom kole vyradili Žilinčania Herfolge BK po výsledkoch 2:0 doma i vonku, tento menej známy klub sa na konci sezóny 1999/00 stal majstrom Dánska. Trenčania najprv vonku prehrali s macedónskou Pobedou Prilep 1:3 a potom doma zvíťazili 3:1, napokon o postupe Macedóncov rozhodol penaltový rozstrel, ktorý vyhrali 4:3. Druhé kolo bolo pre Žilinu posledným. Doma síce zdolala Metz 2:1, ale na ihrisku súpera podľahla francúzskemu protivníkovi 0:3.

2. predkolo Ligy majstrov:

Slovan Bratislava dostal až po svojom štvrtom slovenskom titule príležitosť zabojovať v kvalifikácii Ligy šampiónov, keďže po predchádzajúcich troch ešte nemohol kvôli vtedajšiemu nízkemu postaveniu Slovenska v rebríčku UEFA a následné dve šance dostali už hráči 1. FC Košice.

Slovákmi podceňovaný majster Cypru sa v Larnake ujal vedenia. Po prestávke naň gólovo odpovedal Norbert Hrnčár. V závere stretnutia domáci využili pokutový kop na tesnú výhru. Napriek tomu zostali favoritmi na postup Bratislavčania. Počítali s nimi zrejme aj predstavitelia Herthy Berlín, ktorí sa prišli v odvete pozrieť na svojho súpera v 3. predkole. Pomerne rýchlo šli Cyperčania do oslabenia, o to bolo väčším šokom, keď skórovali ako prví. Slovan bleskovo vyrovnal, ale jeho ostatné nádejné strelecké pokusy v sieti neskončili, za čo sa fanúšikovia po zápase “odvďačili“ piskotom.

28.7.1999 Anorthosis Famagusta – SLOVAN BRATISLAVA 2:1 (1:0)
Góly: 25., 89. (druhý z 11m) Obiku – 50. N. Hrnčár

Zostava Slovana: König – Pecko, Mil. Timko, S. Varga, Hornyák, N. Hrnčár, Tomaschek (C), R. Škrteľ, Fabuľa, Jančula (88. Kriss), Majoroš (75. Ľ. Meszároš); tréner: Stanislav Griga

4.8.1999 SLOVAN BRATISLAVA – Anorthosis Famagusta 1:1 (0:0)
Góly: 60. Mil. Timko – 58. Obiku; ČK: 27. Z. Milinkovič (Famagusta)

Zostava Slovana: König – Pecko, Mil. Timko, S. Varga, Soboňa, N. Hrnčár, Tomaschek (C), Kriss (46. Sedlák), R. Škrteľ (46. Fabuľa), Jančula, Majoroš; tréner: Stanislav Griga

Predkolo Pohára UEFA:

Inter čakal po roku súper opäť z Albánska. Tretiemu tímu tamojšej ligovej súťaže strelil na Pasienkoch pomerne rýchlo dva góly, Ballš znížil, ale domov napokon cestoval s prehrou 1:3. Do odvety nastúpil už aj Szilárd Németh, jeho dva presné zásahy spečatili postup žltočiernych.

12.8.1999 INTER BRATISLAVA – Bylis Ballš 3:1 (2:0)
Góly: 16. Gerich, 28. (z 11m) Kratochvíl, 75. Ľ. Perniš – 62. Jakupi

Zostava Interu: Hýll – Šuchančok (C), Kratochvíl, Čišovský, M. Ševela, Gerich, Tomovčík (70. Ľ. Perniš), P. Németh, Ľalík, Kusalík, Babnič; tréner: Jozef Bubenko

26.8.1999 Bylis Ballš – INTER BRATISLAVA 0:2 (0:1)
/hralo sa v Tirane/
Góly: 34., 63. Sz. Németh

Zostava Interu: Hýll – Šuchančok (C), Kratochvíl, M. Ševela, Chrenko, Gerich, P. Németh, Ľalík (72. Czinege), Pinte, Kusalík (80. Babnič), Sz. Németh (65. Ľ. Perniš); tréner: Jozef Bubenko

Trnavčania herne prevýšili hráčom albánskeho vicemajstra, ale napriek tomu, že sa v prvom dueli dostali do vedenia, tak o ich postupe rozhodli až dva presné zásahy Marka Ujlakyho vsietené vo štvrtej štyridsaťpäťminútovke dvojzápasu.

12.8.1999 Vllaznia Škodra – SPARTAK TRNAVA 1:1 (1:1)
Góly: 44. Sinani – 29. Leitner; ČK: 51. Premci (Škodra)

Zostava Spartaka: Susko – Hrabal, Poljovka, Horký, Leitner, Talda (56. Bališ), Ujlaky (C), Kostka, Formanko, Bukovič, Gomes (75. P. Bugár); tréner: Anton Jánoš

26.8.1999 SPARTAK TRNAVA – Vllaznia Škodra 2:0 (0:0)
Góly: 58., 89. Ujlaky

Zostava Spartaka: Susko – Poljovka, Hrabal, Horký, Leitner, Talda (57. Bališ), Kostka (78. Fall), Ujlaky (C), Formanko, J. Timko, Gomes (46. J. Pavlík); tréner: Anton Jánoš

1. kolo Pohára UEFA:

Interisti zaskočili favorizovaný rakúsky tím. Po tesnej domácej výhre sa im podarilo zabodovať aj vo Viedni. O postupujúcom rozhodli takzvané góly do šatne.

16.9.1999 INTER BRATISLAVA – Rapid Viedeň 1:0 (1:0)
Gól: 45. Ľalík

Zostava Interu: Hýll – Šuchančok (C), Chrenko, Kratochvíl, M. Ševela, Czinege, P. Németh, Ľalík (78. Čišovský), Gerich (37. Kusalík), Sz. Németh (90. Ľ. Perniš), Babnič; tréner: Jozef Bubenko

30.9.1999 Rapid Viedeň – INTER BRATISLAVA 1:2 (0:1)
Góly: 66. Zingler – 45. Šuchančok, 64. Babnič

Zostava Interu: Hýll – Šuchančok (C), Chrenko, Kratochvíl, M. Ševela, Czinege, P. Németh, Ľalík (83. Čišovský), Gerich, Sz. Németh (76. Kusalík), Babnič (90. Ľ. Perniš); tréner: Jozef Bubenko

Trnavčanom nevyšli úvody zápasov, keď v oboch inkasovali. Rakúsky Graz si vypracoval už v domácom prostredí pohodlný náskok, ktorý navyše na štadióne Spartaka poistil ďalším gólom. Trnava síce napokon vybojovala v odvete výhru, ale tá ju pri postupových ambíciách mohla len ťažko uspokojiť.

16.9.1999 GAK Graz – SPARTAK TRNAVA 3:0 (2:0)
Góly: 12., 56. Akwuegbu, 34. Tutu

Zostava Spartaka: Susko – Hrabal, Horký, Fall, Leitner, Bališ, Kostka, Ujlaky (C), Gomes (82. Dian), Formanko (76. Talda), J. Timko; tréner: Anton Jánoš

30.9.1999 SPARTAK TRNAVA – GAK Graz 2:1 (1:1)
Góly: 45., 70. Mužlay – 14. Standfest

Zostava Spartaka: Susko – Hrabal, Fall, Horký, Leitner, Talda, Gomes, Ujlaky (C; 33. Bugár), Formanko (61. Bališ), Mužlay, J. Timko (83. Bukovič); tréner: Anton Jánoš

Banskobystričanov vrátil do reality slávny holandský veľkoklub. Dukla po šokujúcom vlastnom góle v Amsterdame viedla, ale potom udržala krok so súperom len do prestávky. Po nej zasadil Ajax rozhodujúce údery. V domácej odvete dostal Duklu do vedenia parádnym gólom Milan Malatinský, ale Ajax sa nenechal zahanbiť a otočil výsledok aj na Štiavničkách.

16.9.1999 Ajax Amsterdam – DUKLA BANSKÁ BYSTRICA 6:1 (2:1)
Góly: 25. (z 11m) Verlaat, 26. Reuser, 47. Knopper, 50., 64. Machlas, 72. Wamberto – 15. (vlastný) Verlaat

Zostava Dukly: Juračka (C) – Bartoš (77. R. Štrba), M. Laurinc, Karásek, Kentoš, Marián Strelec, Helbich, Faktor, M. Bubenko (66. Malatinský), Kováč, Pančík (87. O. Kostúr); tréner: Miloš Targoš

30.9.1999 DUKLA BANSKÁ BYSTRICA – Ajax Amsterdam 1:3 (1:0)
Góly: 45. Malatinský – 47. Arveladze, 64. Bobson, 90. B. Laudrup

Zostava Dukly: Juračka (C) – Čvirik, M. Laurinc, Karásek, Malatinský, Marián Strelec (63. Michailov, 74. M. Bubenko), Helbich, Faktor, O. Kostúr (84. R. Štrba), Kováč, Pančík; tréner: Miloš Targoš

2. kolo Pohára UEFA:

V prvom stretnutí bola hra vyrovnaná, ale Inter zahadzoval svoje šance. Zato hráči francúzskeho kolektívu kruto trestali hrubé chyby obrany žltočiernych. Po trojgólovej výhre bola odveta v Nantes už len formalitou. Góly v nej začali padať až po prestávke, všetky do siete Hýlla.

21.10.1999 INTER BRATISLAVA – FC Nantes 0:3 (0:2)
Góly: 26. (z 11m) Sibierski, 35. Da Rocha, 86. Carriere

Zostava Interu: Hýll – Chrenko, Kratochvíl, Šuchančok (C), M. Ševela (46. Ľalík), Pinte, P. Németh, Czinege (46. Kusalík), Gerich, Sz. Németh (46. Ľ. Perniš), Babnič; tréner: Jozef Bubenko

4.11.1999 FC Nantes – INTER BRATISLAVA 4:0 (0:0)
Góly: 49. Sibierski, 60. Monterrubio, 74. Devineau, 82. Da Rocha

Zostava Interu: Hýll – Kratochvíl, Chrenko, Šuchančok (C), M. Ševela, Czinege, P. Németh, Ľalík (61. Kusalík), Gerich, Sz. Németh (83. Ľ. Perniš), Babnič (73. Pinte); tréner: Jozef Bubenko