Armedia sa musela prebíjať cez tri kvalifikačné kolá. V prvom vyradila kazažský Kairat Almaty (0:2, 4:1), ktorý mimochodom v súčasnosti trénuje vtedajší lodivod Petržalky Vladimír Weiss. Hlavne na druhé predkolo budú pamätníci ešte veľmi dlho spomínať. V prvom zápase Petržalka zvíťazila nad Celticom Glasgow 5:0, pričom prvý polčas tomu vôbec nenasvedčoval (skončil sa 1:0, gólom Halenára z 43. minúty). Gólová kanonáda sa rozbehla až v 57. minúte gólom Vaščáka, ku ktorému sa pridal Mikulič a dvomi gólmi Halenár dokonal hetrik. Odveta v Celtic Parku mala byť už len formalitou. Domáci sa síce ujali vedenia po penalte, ale do prestávky dokázali skórovať už len raz, keď využili osemminútovú absenciu Jána Ďuricu, ktorý mal roztrhnutý dres a dlho nemohol nájsť náhradný. V druhom dejstve pridal Celtic síce ďalšie dva góly, ale posledné minúty si už Petržalčania dokázali ustrážiť.

Poslednou prekážkou pre Artmediu v ceste do hlavnej fázy Ligy majstrov bol Partizan Belehrad. Oba zápasy sa skončili bezgólovou remízou, rozhodovalo sa až v penaltovom rozstrele. Petržalským hrdinom bol brankár Juraj Čobej, ktorý zneškodnil tri pokusy domácich (raz mu pomohla bránková konštrukcia), pričom v piatej sérii odvrátil postupový mečbal Partizanu.

Petržalčania zaznamenali v konkurencii Porta, Interu Miláno a Glasgow Rangers len dve prehry, čo je na naše pomery úctyhodná bilancia. Obe prehry zaznamenala proti milánskemu Interu, najskôr v domácej premiére 0:1 a na ihrisku súpera 0:4 zásluhou trojgólového Adriana, jeden gól pridal Luis Figo.

Zápas proti Rangers sa v glasgowskom Ibrox Parku skončil bezgólovo, domáci duel proti Petržalčania doviedli do gólovejšej remízy 2:2, šťastnými strelcami Petržalky boli Ján Kozák a Balázs Borbély.

Najpamätnejšie stretnutia odohrali Petržalčania proti FC Porto. Prvý sa odohral na portugalskej pôde a prvý polčas mali jasne v réžii domáci. V 39. minúte viedli po góloch Lucha Gonzálesza a Diega už 2:0. Petržalku dostali pod veľký tlak, ale tá dokázala v nadstavenom čase odpovedať gólom Petráša, ktorý zužitkoval prihrávku od Fodreka. V druhom dejstve sa dostal na trávnik Halenár a bol to on, kto adresoval v 54. minúte presný pas na Kozáka, ktorý obišiel brankára Baia a vyrovnal na 2:2. To nebolo všetko, štvrťhodinku pred koncom sa presadil Borbély po kozákovom rohovom kope a senzácia bola na svete!

V domácom zápase potrebovali zverenci trénera Weissa víťazstvo, aby sa dostali do ďalšej fázy Ligy majstrov. Zápas mal od začiatku úplne iný priebeh ako ten v Portugalsku. Artmedia bola aktívnejšia, dostávala sa do šancí, ale ani jednu nedokázala pretaviť do gólového konca. Domácim v 71. minúte odoprel nemecký rozhodca Markus Merk výhodu pokutového kopu, keď hosťujúci Pepe zahral rukou. Bezgólová remíza znamenala tretie miesto v H-skupine a postup do 32-finále Pohára UEFA, kde Artmedia stroskotala na bulharskom Levski Sofia po výsledkoch 0:1 a 0:2.

Do skupinovej fázy Ligy majstrov zasiahli:
Juraj Čobej (540 minút), Ondrej Debnár (540), Ján Ďurica (540), Branislav Fodrek (540), Peter Petráš (529), Ján Kozák (519), Aleš Urbánek (512), Balázs Borbély (450), Blažej Vaščák (430), Lukáš Hartig (372), Juraj Halenár (317), Branislav Obžera (292), Pavol Staňo (185), Peter Burák (46), Daniel Tchuř (45), Martin Mikulič (40), Famio Gomes (28), Roman Konečný (16).
Do zápasu zasiahlo 18 hráčov.